تکنیک مدلسازی پروتئین روشی است که از طریق تجربیات گذشته توسعه داده شده است به این صورت که توالی های پروتئین های کریستالوگرافی شده را مورد بررسی قرار دادند و در نتیجه توانستند ساختاری را که از کنار هم قرار گرفتن چند آمینواسید بوجود می آید را به صورت تکرار شونده مشاهده کنند لذا الگوریتم هایی نگارش شد که بر همین اساس کار می کنند و با توجه به توالی آمینواسیدی که به آن ها می دهید ساختار پروتئینی مولکول را پیش بینی می کنند روش دیگری که مورد استفاده قرار می گیرد همولوژی مدلینگ می باشدکه در این روش ابتدا از روی توالی پروتئین شبیه ترین توالی ممکن را یافته و براساس ساختار آن (به عنوان نمونه مدل) ساختار چدید را پیش بینی می کنند اهمیت این تکنیک به جهتی است که دو تکنیک آزمایشگاهی  تعیین ساختار پروتئین ها یعنی کریستالوگرافی و NMR دارای پیچیدگی های فنی و اجرائی است و همینطور هزینه های بالایی را طلب می کند. از این رو تکنیک پیش بینی مدلسازی روشی است که به طور گسترده درحال استفاده می باشد.